Em 1606, a Nossa Senhora dos Mártires, uma caravela portuguesa, parte da Índia para Portugal, transportando nos seus porões um incalculável tesouro mais valioso que ouro: pimenta preta. O Vice-Rei das Índias está a bordo, com alguns segredos dentro da sua bagagem. Além de ser amante da rainha, traz nas suas malas um enorme diamante que pretende oferecer à sua amada.

Mas os mistérios e segredos escondem-se em todas as cabines: um padre jesuíta viaja na companhia de um jovem japonês, que ele se apresenta como seu protegido – quando, na verdade, ele é seu amante. O clérigo está ciente do contrabando do Vice-rei e pretende roubar a pedra preciosa a qualquer preço.

Esta é uma novela gráfica construída sobre a história de um famoso naufrágio: a caravela que, tendo resistido a uma viagem inóspita de oito meses, acabou por sucumbir numa tempestade cruel que a empurrou contra um penhasco, com Lisboa já à vista. Mais de duzentas almas foram perdidas. O mar circundante ficou negro por uma semana – tão enorme foi a quantidade de pimenta derramada.